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Das Generalsekretariat wird vom Generalsekretär der Bischofskonferenz, der von der Vollversammlung auf eine Periode von sechs Jahren gewählt wird, geleitet. Der Generalsekretär nimmt an den Sitzungen der Vollversammlung teil und führt das Protokoll.

Seit 1. Februar 1999 ist Msgr. Mag. Dr. Ägidius J. Zsifkovics Generalsekretär der Bischofskonferenz.

Zu den wichtigsten Aufgaben des Generalsekretariates zählen die Vorbereitung der Vollversammlung sowie die Verrichtung der daraus resultierenden Nacharbeit. Es pflegt die Beziehungen zu den zuständigen kirchlichen und staatlichen Stellen und besorgt den nötigen Schriftverkehr. Daneben steht es in ständigem Kontakt mit den der Bischofskonferenz zugeordneten Einrichtungen und Institutionen und nimmt gegebenenfalls die Diensthoheit wahr. Das Generalsekretariat ist in seinen Tätigkeiten an die Weisungen des Vorsitzenden gebunden. Es handelt im Einvernehmen mit dem jeweils zuständigen bischöflichen Referenten.